UNIVERSITA' DEGLI STUDI ROMA TOR VERGATALa Global Biodata Coalition ha riconosciuto il Consorzio IMEx, di cui la risorsa bioinformatica MINT del Dipartimento di Biologia di Roma Tor Vergata è membro attivo e fondatore, come risorsa di dati biologici di fondamentale importanza per la conservazione a lungo termine dei dati biologici.
L’importanza della gestione dei dati biologici
Per capire la portata di questo risultato, basta leggere il post scritto da Guy Cochrane, direttore esecutivo del GBC, su X (ex Twitter): “Senza il supporto delle risorse che organizzano i dati biologici, non è possibile alcun progresso delle scienze della vita”, aggiungendo poi che “l’identificazione delle risorse globali di biodati fondamentali ha richiesto tre anni ed è stata raggiunta con il supporto di un corpo internazionale di revisori indipendenti. La partecipazione dei rappresentanti delle risorse riconosciute come essenziali dal Global Core Biodata sarà fondamentale per sviluppare nuovi approcci al finanziamento dei biodati.”
Commenti dei protagonisti
La coordinatrice di MINT, Luana Licata, ha così commentato: “sono felice che l’impegno e la passione del team di MINT e degli altri partner IMEx sia stato riconosciuto a livello globale. Le interazioni molecolari sono una componente essenziale nell’analisi dei dati biologici e nello sviluppo di modelli descrittivi e predittivi per promuovere la nostra comprensione della biologia molecolare e cellulare. Le risorse IMEx sono le uniche risorse bioinformatiche liberamente accessibili a fornire un dataset unificato di interazioni molecolari rappresentate in maniera accurata e dettagliata”.
Il professore emerito Gianni Cesareni che nel 2002 ha concepito questo progetto prosegue sottolineando come “le funzioni di una cellula dipendono dalle interazioni tra le migliaia di proteine codificate nel suo genoma, che sono estremamente specifiche e le malattie sono spesso causate da difetti in questa rete di interazioni. Le informazioni sperimentali che sono alla base di questi processi sono però “disperse” nelle miriadi di pubblicazioni scientifiche che vengono prodotti ogni anno e sono difficilmente recuperabili e analizzabili dai ricercatori. Il team di MINT, negli ultimi 15 anni, ha contribuito ad estrarre queste informazioni dalla letteratura scientifica ed a organizzarle in un database di interazione molecolare che può essere facilmente interrogabile, non solo dai singoli ricercatori ma anche dai computer”.
La risorsa MINT dell’Università di Roma Tor Vergata è l’unica risorsa italiana ad aver ricevuto questo prestigioso “marchio” di qualità dalla Global Biodata Coalition.
La direttrice del dipartimento di Biologia, prof.ssa Antonella Canini, conclude dicendo “GBC rappresenta un esempio di percorso fruttuoso che garantirà a risorse bioinformatiche come MINT di essere salvaguardate per la fruizione libera dei data biologici”.
MINT: componenti del gruppo e attività
Il team di MINT (The Molecular INTeraction Database) è composto dalla coordinatrice Luana Licata, la biocuratrice Marta Iannuccelli, la sviluppatrice part-time Prisca Lo Surdo e dal professore emeritoGianni Cesareni che nel 2002 ha ideato e sviluppato la risorsa. MINT contiene dati di interazione molecolare, estratti dalla letteratura scientifica e annotati da esperti biocuratori in un formato che può essere letto ed interpretato da altre risorse informatiche. MINT è uno dei membri fondatori del consorzio internazionale IMEx (the International Molecular Exchange) ed è stata riconosciuta dall’infrastruttura bioinformatica ELIXIR come risorsa di interesse europeo.
Consorzio IMEx, progetto nato nel 2005
Il consorzio IMEx (The International Molecular Exchange Consortium) organizza dati sulle interazioni fisiche tra biomolecole (proteine, acidi nucleici, bioentità non codificate nel genoma come carboidrati e complessi proteici) nell’intero spettro tassonomico. Il consorzio è stato fondato nel 2005 per coordinare le risorse di dati di interazione molecolare a livello globale, una collaborazione internazionale tra le maggiori banche dati di interazione molecolare che hanno accettato di unire i loro sforzi di curazione e adottare lo standard PSI-MI (Molecular Interaction Ontology of the Proteomics Standard Initiative) sia per la curazione che per lo scambio e integrazione dei dati. Attualmente i partner di IMEx sono oltre a MINT, le banche dati IntAct, DIP, MatrixDB, UniProt, I2D, InnateDB.
GBC: Global Biodata Coalition, cosa rappresenta?
La Global Biodata Coalition (GBC) è un forum internazionale che ha lo scopo di coordinare e condividere gli approcci per la gestione efficiente e la crescita delle risorse di biodati in tutto il mondo. La GBC mira a sostenere e stabilizzare questo sforzo garantendo un sostegno finanziario che lo renda sostenibile ed identificando, per un sostegno prioritario a lungo termine, una serie di risorse globali di rilevanza per le scienze della vita.
Per conoscere la lista completa delle Global Core Biodata Resource